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Amber¶
简介¶
Amber 是分子动力学软件，用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。Amber 为商业软件，需购买授权使用。 如需使用集群上的 Amber，请发邮件至 hpc 邮箱，附上课题组购买 Amber 的证明，并抄送超算帐号负责人。 算例存放位置¶ 思源 ：/dssg/share/sample/amber π2.0 ：/lustre/share/sample/amber算例结构如下 tree amber: ├── inpcrd ├── mdin └── prmtop 集群上的Amber¶思源一号 Amber π2.0 Amber 思源一号上的Amber¶ 思源上的Amber2022¶amber_GPU.slurm内容如下： #!/bin/bash #SBATCH --job-name=Amber_gpu #SBATCH --partition=a100 #SBATCH -N 1 #SBATCH --ntasks-per-node=16 #SBATCH --gres=gpu:1 #SBATCH --output=%j.out #SBATCH --error=%j.err module load amber/2022-cuda-11.5.119 pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrdamber_MPI.slurm内容如下： #!/bin/bash #SBATCH --job-name=Amber_mpi #SBATCH --partition=64c512g #SBATCH -N 2 #SBATCH --ntasks-per-node=64 #SBATCH --exclusive #SBATCH --output=%j.out #SBATCH --error=%j.err module load amber/2022-intel-2021.4.0 mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd 思源上的Amber2020¶amber_MPI.slurm内容如下： #!/bin/bash #SBATCH --job-name=Amber_mpi #SBATCH --partition=64c512g #SBATCH -N 2 #SBATCH --ntasks-per-node=64 #SBATCH --exclusive #SBATCH --output=%j.out #SBATCH --error=%j.err module load amber/2020-intel-2021.4.0 mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd π2.0上的Amber¶ π2.0上的Amber2022¶amber_GPU.slurm内容如下： #!/bin/bash #SBATCH --job-name=Amber_gpu #SBATCH --partition=dgx2 #SBATCH -N 1 #SBATCH --ntasks-per-node=6 #SBATCH --gres=gpu:1 #SBATCH --output=%j.out #SBATCH --error=%j.err module load amber/2022-cuda-10.1.243 pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrdamber_MPI.slurm内容如下： #!/bin/bash #SBATCH --job-name=test_amber #SBATCH --partition=cpu #SBATCH -N 2 #SBATCH --ntasks-per-node=40 #SBATCH --output=%j.out #SBATCH --error=%j.err module load amber/2022-intel-2021.4.0 mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd π2.0上的Amber2020¶amber_GPU.slurm内容如下： #!/bin/bash #SBATCH --job-name=Amber_gpu #SBATCH --partition=dgx2 #SBATCH -N 1 #SBATCH --ntasks-per-node=6 #SBATCH --gres=gpu:1 #SBATCH --output=%j.out #SBATCH --error=%j.err module load amber/2020-cuda-10.2.89 pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrdamber_MPI.slurm内容如下： #!/bin/bash #SBATCH --job-name=test_amber #SBATCH --partition=cpu #SBATCH -N 2 #SBATCH --ntasks-per-node=40 #SBATCH --output=%j.out #SBATCH --error=%j.err module load amber/2020-intel-2021.4.0 mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd 运行结果(单位为：s)¶Amber22在GPU上的运行结果 平台 思源 pi 2.0 核数 16core+1GPU 6core+1GPU Time 60.57 60.99 Amber20在GPU上的运行结果 平台 pi 2.0 核数 6core+1GPU Time 60.94 Amber22在CPU上的运行结果 平台 思源 pi 2.0 思源 pi 2.0 思源 pi 2.0 核数 64 40 128 80 256 160 Time 446.36 722.14 311.67 428.30 306.37 315.61 Amber20在CPU上的运行结果 平台 思源 pi 2.0 思源 pi 2.0 思源 pi 2.0 核数 64 40 128 80 256 160 Time 441.83 694.00 309.26 430.69 306.83 312.89 参考资料¶Amber 官网 |
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